VC Eendracht Houtem is een VZW geleid door een Bestuur, aangesteld door de Algemene Vergadering. Binnen de Raad van Bestuur hebben we 6 basiszuilen, die elk een groot deel van de werking leiden: logistiek, financieel, jeugd, administratief, sportief en evenementen, aangevuld met enkele bestuurders die in meerdere zuilen actief zijn. Volgend organigram geeft de werking van de club weer:

Binnen de zuil Jeugd is er onderverdeling in leeftijdscategorieën. Elke jeugdverantwoordelijke staat in voor de begeleiding van de jeugdtrainers in zijn groep.